Trayek T-1 : Rute Teluk Bayur – P. Nias (Gn. Sitoli) – Mentawai (Sikakap) – P. Enggano – Bengkulu PP. Dioperasikan oleh
PT. ASDP dengan KM. PRIMA NUSANTARA 01
Trayek T-2 : Tanjung Priok – Tanjung Batu – Blinyu – Tarempa – Natuna (Selat Lampa) – Midai– Serasan – Tanjung Priok. Dioperasikan
PT. PELNI dengan KM. CARAKA JAYA NIAGA III-4
Trayek T-3 : Tanjung Perak – Belang Belang – Sangatta – Nunukan – Pulau Sebatik (Sungai Nyamuk) – Tanjung Perak. Dioperasikan
PT. ASDP dengan KM. MELINDA 01
Trayek T-4 : Tanjung Perak – Makassar – Tahuna PP (KAPAL UTAMA) dioperasikan
PT. PELNI dengan KM. LOGISTIK NUSANTARA I .
Tahuna – Kahakitang – Buhias – Tagulandang – Biaro – Lirung – Melangoane – Kakorotan –Miangas – Marore – Tahuna (KAPAL PENGHUBUNG) dioperasikan
PT. PELNI dengan KM. KENDHAGA NUSANTARA
Trayek T-5 : Tanjung Perak – Makassar – Tobelo – Tanjung Perak (KAPAL UTAMA)
Tobelo – Maba – P.Gebe – Obi – Sanana – Tobelo (KAPAL PENGHUBUNG)
Masih proses lelang
Trayek T-6 :
Tanjung Perak – Tidore – Morotai – PP.
Dioperasikan PT.PELNI dengan KM. LOGISTIK NUSANTARA 2
Trayek T-7 : Tanjung Perak – Wanci – Namlea – Tanjung Perak. Dioperasikan oleh
PT. Mentari Sejati Perkasa.
Trayek T-8 : Tanjung Perak – Biak – Tanjung Perak (KAPAL UTAMA)
Biak – Oransbari – Waren – Teba – Sarmi – Biak (KAPAL PENGHUBUNG)
Masih proses lelang
Trayek T-9 : Tanjung Perak – Nabire – Serui – Wasior – Tanjung Perak. Dioperasikan
PT. TEMAS LINE.
Trayek T-10 : Tanjung Perak – Fak Fak – Kaimana – Tanjung Perak.
Masih proses lelang
Trayek T-11 : Tanjung Perak – Timika – Agats – Marauke – Tanjung Perak (Kapal Crossing). Dioperasikan
PT. TEMAS LINE
Trayek T-12 : Tanjung Perak – Saumlaki – Dobo – Tanjung Perak. Dioperasikan PT. Meratus Line.
Trayek T-13 : Tanjung Perak – Kalabahi – Moa – Rote (Ba’a) – Sabu (Biu) PP. Dioperasikan
PT. PELNI dengan KM. LOGISTK NUSANTARA 3
Trayek T-14 : Tanjung Perak – Loweleba – Adonara – Larantuka PP. Dioperasikan
PT. PELNI dengan KM. LOGISTIK NUSANTARA 4
Trayek T-15 : Tanjung Perak – Kisar (Wonreli) – Namrole PP. Dioperasikan
PT.PELNI dengan KM. CARAKA JAYA NIAGA III-32