Kerja sama Inkopau dengan ATS dituangkan dalam MOU yang disusun pada 2004. Dengan demikian, pada 2004, Inkopau dan ATS menandatangani nota kesepahaman pemanfaatan aset tanah TNI AU, seluas 21 Ha yang dimanfaatkan untuk Bandara Halim Perdanakusuma.
Aset tersebut merupakan BMN sehingga ketika akan dimanfaatkan oleh pihak lain harus seizin dari Kementerian Keuangan. Untuk itu telah ditempuh perijinan secara berjenjang melalui Kementerian Pertahanan, Mabes TNI dan mendapat persetujuan Menteri Keuangan dengan surat Nomor S-279/MK.G/2005 pada 18 Mei 2005.
Terbitnya izin dari Kementerian Keuangan tersebut, MOU antara Inkopau dengan ATS kemudian ditindaklanjuti dengan pendandatanganan perjanjian pada 10 Februari 2006, melalui perjanjian Nomor Sperjan/05-0303/01/Inkopau dan 001/ATS-EKS/II/2006.
Seiring berjalannya waktu, aset tanah yang telah dikerjasamakan tersebut, belum dapat dimanfaatkan oleh ATS karena terminal Bandara Halim yang berada di atas tanah yang diperjanjikan, masih dikuasai oleh AP II yang menggantikan kedudukan Dephub yang telah berakhir perjanjian kerja samanya pada 2002.
Pada 2010, ATS mengajukan gugatan wanprestasi kepada PT AP II dan Inkopau di Pengadilan Negeri Jakarta Timur melalui perkara No. 492/Pdt.G/2010/PN. Jakarta Timur. Gugatannya dikabulkan sebagian, salah satu amar nya menghukum PT AP II untuk menyerahkan penguasaan dan pengelolaan lahan dan/atau apa saja yang berdiri di atas Tanah kepada ATS.
Sengketa tersebut berlanjut ke tingkat banding, maupun Kasasi dan terakhir melalui Putusan Tingkat PK Nomor 527 PK/Pdt/2015, dengan permohonan yang diajukan oleh PT AP II ditolak.
Semenjak 2021 dalam rangka melaksanakan ketentuan pemanfaatan BMN agar sesuai aturan maka para pihak melakukan perjanjian Substusi. Dalam perjanjian, pemanfaatan yang semula Inkopau dengan ATS, menjadi TNI AU dengan ATS.
